L'AIPU repose géographiquement sur trois zones (Afrique, Europe, Amériques), chaque zone étant constituée de structures locales ou régionales. Une grande liberté d'organisation et d'action est laissée à chaque section locale dans le respect de la concordance entre les règlementations spécifiques et les statuts généraux de l'AIPU. Cependant, il n'est pas toujours aisé de développer une structure locale, avec des statuts, des modalités de cotisation, des moyens de communication… En outre, des personnes isolées (ou des groupes de personnes appartenant à une même structure) manifestent souvent leur intérêt pour la pédagogie de l'enseignement supérieur dans le monde francophone (quelques exemples : Espagne, Portugal, Roumanie, Iran, pays nordiques, Russie, pays d'Amérique du Sud). Toutes ces personnes, désireuses de participer de près ou de loin aux activités de l'association, peuvent se regrouper au sein de la section internationale.

Le secrétaire général international assure le rôle de responsable de cette section. Qu'elles aient envie d'adhérer en tant que membres ou de se signaler comme sympathisantes, les personnes intéressées sont invitées à le contacter ou à s'inscrire directement à cette section via le formulaire d'adhésion.

L'adhésion à la Section Internationale est fixée à 45€ pour 2 ans.

Les groupes de personnes qui souhaiteraient à terme créer une structure locale de l'AIPU dans leur région géographique peuvent bien entendu obtenir un soutien auprès du CAI de l'AIPU, par l'intermédiaire du responsable de la section internationale.